为加强水资源费征收使用管理，促进水资源节约、保护和合理利用，日前，财政部、国家发改委、水利部联合发布《水资源费征收使用管理办法》，对我国水资源费的征收、缴库、使用管理以及违规处罚都做出了明确规定。该办法自2009年1月1日起执行。
《办法》规定，直接从江河、湖泊或者地下取用水资源的单位（包括中央直属水电厂和火电厂）和个人，除按《取水许可和水资源费征收管理条例》有关规定明确不需要申领取水许可证的情形外，均应按照《办法》规定缴纳水资源费。对从事农业生产取水征收水资源费，按照《条例》有关规定执行。考试大收集
对水资源费征收标准，《办法》明确，由各省、自治区、直辖市价格主管部门会同同级财政部门、水行政主管部门制定，报本级人民政府批准，并报国家发改委、财政部和水利部备案。其中，由流域管理机构审批取水的中央直属和跨省、自治区、直辖市水利工程的水资源费征收标准，由国家发改委会同财政部、水利部制定。
同时，水资源费交纳数额根据取水口所在地水资源费征收标准和实际取水量确定。水利发电用水和火力发电贯流式冷却用水的水资源费缴纳数额，可根据取水口所在地水资源费征收标准和实际发电量确定。对开采矿产资源用水，不得按矿产品开采量计征水资源费。考试大收集
《办法》同时对水资源费的缴库给予明确。《办法》规定，除南水北调受水区外，县级以上地方水行政主管部门征收的水资源费，按照1：9的比例分别上缴中央和地方国库。南水北调受水区水资源费在中央和地方之间的划分，按照《国务院办公厅关于印发<南水北调工程基金筹集和使用管理办法>的通知》的规定执行。省、自治区、直辖市以下各级之间水资源费的分配比例，由各省、自治区、直辖市财政部门确定。
而对跨省、自治区、直辖市水利水电工程，水资源费在相关省、自治区、直辖市之间的分配比例，则由相关省、自治区、直辖市人民政府协商确定，并报财政部、水利部审核同意后执行。另外，对三峡水电站水资源费的资金解缴和分配，由财政部会同水利部提出意见，报请国务院确定。
《办法》还明确了水资源费如何使用管理。《办法》规定，水资源费全额纳入财政预算管理，由财政部门按照批准的部门预算统筹安排，其中，中央分成的水资源费纳入中央财政预算管理，省、自治区、直辖市以下各级分成的水资源费纳入地方同级财政预算管理。水资源费专项用于水资源的节约、保护和管理，也可以用于水资源的合理开发。用于水资源开发涉及固定资产投资的，要纳入固定资产投资计划统筹安排使用。考试大收集
