2001年3月30日，中国证券登记结算有限责任公司成立，原上海证券交易所和深圳证券交易所所属的证券登记结算公司重组为中国证券登记结算有限责任公司的上海分公司和深圳分公司，这标志着全国集中、统一的证券登记结算体制的组织构架已经基本形成。
（一）证券登记结算公司的设立条件
第一，自有资金不少于人民币2亿元。
第二，具有证券登记、存管和结算服务所必须的场所和设施。
第三，主要管理人员和从业人员必须具有证券从业资格。
第四，国务院证券监督管理机构规定的其他条件。
（二）证券登记结算公司的职能
1.证券账户、结算账户的设立和管理。
2.证券的存管和过户。
3.证券持有人名册登记及权益登记。
4.证券交易所上市证券交易的清算、交收及相关管理。
5.受发行人委托派发证券权益。
6.办理与上述业务有关的查询、信息、咨询和培训服务。
7.国务院证券监督管理机构批准的其他业务，如为证券持有人代理投票服务等。
（三）证券登记结算制度
1.证券实名制。
2.货银对付的交收制度。货银对付俗称“一手交钱，一手交货”，是指在证券登记结算机构与结算参与人在交手过程中，当且仅当资金交付时给付证券、证券交付给付资金。货银对付原则是证券结算的一项基本原则，可以将证券结算中的违约交收风险降低到最低程度。我国上市证券的集中交易主要采用净额结算方式。
3.分级结算制度和结算参与人制度。
在分级结算制度下，只有获得证券登记结算机构结算参与人资格的证券经营机构才能直接进入登记结算系统参与结算业务。通过对结算参与人实行准入制度，制订风险控制和财务指标要求，证券登记结算机构可以有效控制结算风险，维护结算系统安全。
4.净额结算制度。
全额结算是指交易双方对所达成的交易实行逐笔清算，并逐笔转移证券和资金；净额结算是指交易双方对所有达成的交易实行轧差清算，并对轧抵之后的证券和资金的净额进行交付。目前，我国对证券交易所达成的多数证券交易均采取多边净额结算方式。
5.结算证券和资金的专用性制度。
证券登记结算公司按照业务规则收取的各类结算资金和证券，必须存放于专门的清算交收账户，只能按业务规则用于已成交的证券交易的清算、交收，不得被强制执行。
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