证券交易所是依据国家有关法律，经政府证券主管机关批准设立的集中进行证券交易的有形场所。在我国有二个：上海证券交易所和深圳证券交易所。两个交易所的区别如下：
成立时间的不同：上海证券交易所于1990年11月26日由人民银行批准成立，同年12月19日正式开业；深圳交易所于1989年11月15日筹建，1990年12月1日开始试营业，1991年4月11日由人民银行批准成立，并与同年7月3日正式开业。
上市代码的不同：上交所股票代码都以601或者600开头，深交所都以000、002或者300开头，其中000开头的是主板，002开头是中小板，300开头的是创业板。
竞价方式的不同：
上海证券交易所规定，采用竞价交易方式的，每个交易日的9:15——9:25为开盘集合竞价时间，9:30——11:30、13:00——15:00为连续竞价时间。
深圳交易所规定，采用竞价交易方式的，每个交易日的9:15——9:25为开盘集合竞价时间，9:30——11:30、13:00——14:57为连续竞价时间,14:57——15:00为收盘集合竞价时间。
过户费收费标准的不同：从2012年6月1日起，上交所A股交易过户费的收费标准为按成交面额的0.075%向买卖双方投资者分别收取，其中中国结算公司上海分公司收取0.0375&，结算参与人留存0.0375%
深交所过户费包含在交易经手费中，不向投资者单独收取。从2012年6月1日起，深交所收取的交易经手费为按交易额的0.0087%收取，中国结算公司深圳分公司收取过户费0.00255%
对于B股，虽然没有过户费，但是中国结算公司要收取结算费，上交所的结算费是成交额的0.05%，深交所称为结算登记费，是成交额的0.05%，但是最高不超过500港元
接受大宗交易时间的不同：
上交所为每个交易日9:30——11:30、13:00——15:30
深交所为每个交易日9:15——11:30、13:00——15:30
收盘价的不同：上交所的收盘价为当日该证券最后一笔交易前1分钟所有交易的成交量加权平均价
深交所的收盘价通过集合竞价的方式产生，收盘价集合竞价不能产生收盘价或未进行收盘集合竞价的，以当日该证券最后一笔交易前1分钟所有交易的成交量加权平均价为收盘价。
就目前来看大盘股一般在上海证券交易所上市,中小盘股一般在深圳证券交易所上市. 有关证券市场的配置问题，证监会表达了沪深两市各有侧重，共同发展的目标。大中型公司比较倾向于选择上海证券交易所。因为上海证券交易所以大盘股为主，而深圳证券交易所则以小盘股为主，尤其重视中小企业板块。
