实行安全生产许可制度，必须建立相应的安全生产许可证颁发管理体制，确定安全生产许可证颁发管理的行政机关。鉴于煤矿企业、非煤矿矿山企业、建筑施工企业和危险化学品、烟花爆竹、民用爆破器材生产企业的特点各不相同，负有安全生产监督管理职责的部门及其职责各不相同，这就决定了安全生产许可证的颁发管理机关不是一个而是多个。
《安全生产许可证条例》从实际出发，根据不同情况规定了安全生产许可证颁发管理机关的级别及其权限。
(一)安全生产许可证发证机关的层级
《安全生产许可证条例》按照两级发证的原则规定了安全生产许可证的颁发机关，并对民用爆破器材生产企业安全生产许可证的颁发机关作出了特殊的规定。
1，两级发证
安全生产许可证颁发管理机关的层级究竟应当如何确定才更符合实际，在制定《安全生产许可证条例》过程中经过了反复研究，最终确定了两级发证的原则。《行政许可法》对实施行政许可的行政机关有严格的规定。《行政许可法》规定，有权依法设定行政许可的只有国家和省、自治区、直辖市两级国家权力机关和行政机关，具有行政许可设定权的行政机关有权依法实施行政许可。为了使行政许可的设定机关与实施机关的层级相一致避免两者之间因层级差别而影响安全生产许可制度的实施，《安全生产许可证条例》确定国务院与省、自治区、直辖市两级人民政府的负有安全生产监督管理职责的部门和建设行政主管部门为安全生产许可证的发证机关。
2一级发证
在两级发证的原则下，也要对特殊情况作出特别规定，民用爆破器材生产企业安全生产许可证的发证机关就是特例。民用爆破器材生产企业具有特殊性，不宜与其他高危生产企业等同。民用爆破器材生产企业数量较少，发证和管理的工作量较小。目前国防科技工业主管部门只设有国家和省两级，有的省级机构尚不健全，人员较少，市，县两级基本未设机构。有鉴于此，《安全生产许可证条例》第五条规定，国务院国防科技工业主管部门负责民用爆破器材生产企业安全生产许可证的颁发和管理。
(二)煤矿企业安全生产许可证的颁发和管理
1发证对象
在制定《安全生产许可证条例》的时候，考虑到煤矿已经实行煤炭生产许可证的特殊情况，有必要在安全生产许可证颁发对象上与有关法律、行政法规进行衔接，以免由于发证对象的不一致，造成两种行政许可制度之间的脱节。
《煤炭法》第二十二条规定，煤矿投入生产前，煤矿企业应当依照《煤炭法》规定向煤炭管理部门申请领取煤炭生产许可证，由煤炭管理部门对其实际生产条件和安全条件进行审查，符合本法规定的，发给煤炭生产许可证。未取得煤炭生产许可证的，不得从事煤炭生产。《煤炭生产许可证管理办法》第七条规定，煤矿企业应当以矿(井)为单位，申请领取煤炭生产许可证。在煤矿企业发证对象的问题上，《安全生产许可证条例》与《煤炭生产许可证管理办法》的有关规定完全一致，安全生产许可证和煤炭生产许可证的发证对象都是煤矿企业的矿(井)。《安全生产许可证条例》第七条第二款规定，煤矿企业应当以矿(井)为单位，在申请领取煤炭生产许可证前，依照本条例的规定取得安全生产许可证。《安全生产许可证条例》关于煤矿企业应当以矿(井)为单位申请领取安全生产许可证的特殊规定，不适用于其他非煤矿矿山企业。
2发证机关
煤矿企业安全生产许可证颁发管理机关也很特殊，它不是省级人民政府的煤炭管理部门，而是国家垂直管理的省级煤矿安全监察机构。《安全生产许可证条例》第三条规定，国家煤矿安全监察机构负责中央管理的煤矿企业安全生产许可证的颁发和管理。在省、自治区、直辖市设立的煤矿安全监察机构负责前款规定以外的其他煤矿企业安全生产许可证的颁发和管理，并接受国家煤矿安全监察机构的指导和监督。
国家未设直属煤矿安全监察机构的其他省、自治区、直辖市的煤矿企业安全生产许可证颁发管理机关，应当是《煤矿安全监察条例》授权的省、自治区、直辖市人民政府指定的部门，多数为省级安全生产监督管理局。在这些地方。省级安全生产监督管理局依法履行煤矿企业安全生产许可证颁发管理机关的全部职责。
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