四、答案：
1.(1)注册资本占投资总额的比例符合有关法律规定。根据《中外合资经营企业法》的规定，中外合资经营企业的投资总额在1000万美元以上至3000万美元(含3000万美元)的，其注册资本至少应占投资总额的2／5，其中投资总额在1250万美元以下的，注册资本不得低于500万美元。在本案中，合资企业投资总额1200万美元，注册资本500万美元，符合规定。(2)外方的投资比例符合规定。根据《中外合资经营企业法》的规定，在合营企业的注册资本中，外国合营者的投资比例一般不低于25%。在本案中，外方投资比例占40%。
2.(1)中方以作为抵押物的厂房投资不符合规定。根据《中外合资经营企业法》的规定，中外合资者以实物作价投资，必须是自己所有且未设立任何担保物权的财产。本案中，中方的厂房在作为投资前已经抵押给他人，故不能作为其出资。(2)外方以专有技术出资不符合规定。根据《中外合资经营企业法》的规定，投资者以工业产权、专有技术作价投资的，必须为自己所有且未设立任何担保物权，并应当出具拥有所有权和处置权的有效证明。在本案中，外方的专有技术属于以许可证协议方式取得的技术使用权，不能用来作为其投资。
3.外方以合营企业的财产、权益为自己出资担保不符合规定。根据《中外合资经营企业法》的规定，合营企业任何一方不得用以合营企业名义取得的贷款、租赁的设备或者其他财产以及合营者以外的他人财产作为自己的出资，也不得以合营企业的财产和权益或者合营他方的财产和权益为其出资担保。
4.分期缴付出资的第一期出资额的比例和期限符合规定。根据《中外合资经营企业法》的规定，中外合资经营企业的投资者分期缴付出资的，合营各方第一期出资不得低于各自认缴出资额的15%，并且应当在营业执照签发之日起3个月内缴清。
5.有关董事长、副董事长的确定符合规定。根据《中外合资经营企业法》的规定，董事长和副董事长由合营各方协商确定或由董事会选举产生。一方担任董事长的，由他方担任副董事长。但总经理作为中外合资经营企业的法定代表人不符合规定，因为董事长应是合营企业的法定代表人。
6.选择适用第三国法律解决合同争议的约定不符合法律规定。根据《合同法》的规定，在我国境内履行的中外合资经营企业合同、中外合作经营企业合同和中外合作勘探开发自然资源合同，必须适用中国法律。
