1、检察院不合法的程序：
（1）、检察院不应对某国有公司涉税案件的立案侦查。涉税案件应由公安机关管辖。
（2）、检察院不应派检察人员直接逮捕犯罪嫌疑人。逮捕应由公安机关执行。
（3）、检察院不应要求犯罪嫌疑人同时提供5万元保证金和保证人。保证金和保证人不应同时适用。
（4）、检察院不应该对方某既取保候审又同时监视居住。
（5）、人民检察院不应在人民法院尚未作出生效的判决时，就将冻结的存款上缴国库。应当由人民法院在作出生效判决后，通知金融机构上缴国库。
（6）、检察院不应直接向上一级人民法院提出抗诉。检察院应当通过原审法院提出抗诉书。
2、法院不合法的程序：
（1）、法院不应该沿用检察院的取保候审手续，应当重新办理取保候审手续……
（2）、法院不应连续计算取保候审期限，应该重新计算取保候审期限。
（3）、一审法院审理过程中，不应由被告人方某同时担任被告单位的诉讼代表人出庭。法院应当要求检察院另行确定被告单位的诉讼代表人出庭。
（4）、二审人民法院对于检察院抗诉的案件不应当不开庭审理。对检察院抗诉的案件，依法律规定，二审法院应当开庭审理。
（5）、二审法院在认为原审法院认定事实正确，但量刑过轻时，不应裁寂撤销原判，发回重审。二审法院对原判认定事实正确，但量刑不当时，应当改判。
（二）答案：
1、在《最高人民法院关于执行<中华人民共和国刑事诉讼法>若干问题的解释》中，规定附带民事诉讼依法负有赔偿责任的人包括：刑事被告人及没有被追究刑事责任的其他共同致害人；未成年刑事被告人的监护人；已被执行死刑的罪犯的遗产继承人；共同犯罪案件中，案件审结前已死亡的被告人的遗产继承人；其他对刑事被告人的犯罪行为依法应当承担民事赔偿责任的单位和个人。
根据最高人民法院的这个解释，刑事被告人及没有被追究刑事责任的其他共同致害人属于附带民事诉讼依法负有赔偿责任的人，虽然李某在本案中因为犯罪行为轻微没有被追究刑事责任，但是要对附带民事诉讼负赔偿责任。因为李某参加了共同伤害被害人孙某的犯罪行为。其行为不构成犯罪，是就其行为的社会危害性尚未达到应受刑罚处罚的程度。但是其行为仍然具有社会危险性。从民事诉讼的角度而言，其行为构成了对孙某的故意伤害的一部分，和被害人孙某所遭受的人身伤害具有民事法律上的因果关系，属于民事侵权行为，其行为虽然不构成刑事犯罪，但是在民事上负有民事损害赔偿责任。
就本案民事部分而言，犯罪嫌疑人李某和其他犯罪嫌疑人属于同一民事损害赔偿案中的民事被告人，其所负的民事赔偿责任和其他同案被告人所负民事赔偿责任密切相关。如果被害人遭受的经济损失是由共同侵权行为直接造成的，应当根据每个被告人在共同侵权行为中所起的作用分别判处其应赔偿的金额。根据民法通则的有关规定，二人以上共同侵权造成他人损害的，应当承担连带责任。
2、附带民事诉讼的起诉条件是：
（1）提起附带民事诉讼的原告人、法定代理人符合法定条件
这里的原告人是指法条中规定的被害人。因为《刑事诉讼法》第77条所指其实体权利遭受犯罪行为直接侵害的人，与第82条第（二）项所指的被害人不同，所以应当主要包括以下几类：公民、法人和其他组织；已死亡被害人的近亲属；无行为能力或者限制行为能力被害人的法定代理人。
（2）有明确的被告人
此处的被告人是指附带民事诉讼中依法负有赔偿责任的人。包括刑事被告人及没有被追究刑事责任的共同致害人，未成年刑事被告人的监护人，已被执行死刑的罪犯的遗产继承人，共同犯罪案件中，案件审结前已死亡的被告人的遗产继承人，其他对刑事被告人的犯罪行为依法应当承担民事赔偿的单位和个人。
（3）有请求赔偿的具体要求和事实根据
所谓的有请求赔偿的具体要求和事实根据是指原告人提起附带民事诉讼要对自己的诉讼请求应当明确、具体，对加害事实所导致的物质损失的指控，不得虚构和任意定义受害范围，并且应当提供相应的证据。
（4）被害人的物质损失是由被告人的犯罪行为造成的
如果被害人的损失不是因为被告人的犯罪行为造成的，只能另外提起单独的民事诉讼，而不是在附带民事诉讼中提起。
（5）属于人民法院受理附带民事诉讼的范围。
3、附带民事诉讼的程序是：附带民事诉讼应当在刑事案件立案以后第一审判决宣判以前提起。有权提起附带民事诉讼的人在第一审判决宣告以前没有提起的，不得再提起附带民事诉讼。但可以在刑事判决生效后另行提起民事诉讼。在侦查、预审、审查起诉阶段，有权提起附带民事诉讼的人向公安机关、人民检察院提出赔偿请求，已经公安机关、人民检察院记录在案的，刑事案件起诉后，人民法院应当按附带民事诉讼案件受理；一个实践性的做法是如果经过公安机关、人民检察院调解，当事人双方达成协议并已给付，被害人又坚持向法院提起附带民事诉讼的，人民法院也可以受理。来源:考试大网
提起附带民事诉讼一般应该提交附带民事诉状。书写诉状确有困难的，可以口头起诉。审判人员应当对原告人的口头诉状做笔录，原告人确认无误的，应当签名或者盖章。人民法院收到附带民事诉讼的诉状以后，应当进行审查，并在七日之内决定是否立案。符合刑事诉讼法第七十七条第一款、第二款以及最高人民法院关于执行<中华人民共和国刑事诉讼法>若干问题的解释》第八十八条规定的，应当将附带民事诉讼起诉状副本送达送达当事人。
附带民事诉讼的审理程序：《刑事诉讼法》第78条规定，附带民事诉讼应当同刑事案件一并审判，只有为了防止刑事案件审判的过分迟延，由同一审判组织继续审理附带民事诉讼。
本案有附带民事诉讼。在本案的审理过程中，民事诉讼部分的审理和刑事诉讼部分的审理是紧密联系不可分割的。人民法院首先在法庭调查、法庭辩论的基础上确认刑事被告人的犯罪情节，然后才有可能对该犯罪行为所造成的物质损失范围作出认定，进而确定赔偿范围和形式，包括赔偿人的范围。根据附带民事诉讼和本案的刑事部分的不可分割的联系，应该一起审理。但是我们同时也要考虑到民事诉讼和刑事诉讼的不同性质。刑事诉讼主要由于涉及到被告人的权利保护，不允许久拖不决，不能超越各个阶段的法律规定的审判期限。而附带的民事诉讼则主要涉及到被告人的赔偿能力，赔偿责任的承担人的范围，物质损失的程度、大小和范围等；因此审判附带民事诉讼的案件在程序上除必须遵守与一般刑事案件共同的法律规定以外，还应当执行根据最高人民法院的有关司法解释。考试大编辑整理
（三）答案：
本案在诉讼程序上的错误有：
（1）最高人民检察院向省高级人民法院提出抗诉不对。根据《刑事诉讼法》第205条的规定，应当向最高人民法院提出抗诉。
（2）本案由原一审法院（中级人民法院）审判不对。一方面是因为本案原来是二审终审的案件，即使最高人民法院认为事实不清或证据不足，也只能依法指令省高级人民法院再审；另一方面，由于下级法院无权撤销上级法院的裁判，因此，本案由原一审法院审判错误。
（3）本案重新审判时由原合议庭进行错误，违反了《刑事诉讼法》第206条关于应当“另行组成合议庭进行”的规定。
（4）本案再审的期限不合法。违反了《刑事诉讼法》第207条规定的“人民法院按照审判监督程序重新审判的案件，应当在作出再审决定之日起3个月以内审结，需要延长期限的，不得超过6个月。”即使是最高人民法院指令下级人民法院再审的案件，指令再审和重新审判的期限之和也不得超过7个月，而本案从2000年3月最高人民检察院提出抗诉后，到2001年6月重新作出判决共经过了1年零3个月，即15个月，因此，本案严重违反再审期限的规定。
（5）一审法院对丁某宣告无罪，待上诉期满后再释放违反了《刑事诉讼法》第209条的规定。因为丁某在监狱服刑，实为在押犯，当其被宣告无罪后，应当立即释放，不应当等到上诉期满后再予以释放，因此，上述一审法院的做法违法。
