从行政法角度来说，地方保护主义主要表现为以下几种形式：
第一，地方性法规、规章以及其他规范性文件违背国家法律、行政法规、部委规章的规定，制定特殊的保护性规则。就我国宪法规定的国家结构形式看，我国是一个单一制国家。宪法规定地方政府权力来自于中央，受中央领导。在中央与地方的关系上，遵循“中央统一领导，发挥地方的积极性与主动性”的原则。[6] 但是从实践中看，中央与地方关系在一些具体问题上并不清楚。例如，宪法第100条规定国务院的部和委员会可以制定规章，但中央部委规章与省级政府规章、地方性法规之间的效力等级在宪法上并没有明确规定。[7] 经常导致地方性规章和法规与中央部委规章相冲突的情形。这种情况可能对法律的统一实施带来困难。
第二，为保护本地区利益而进行的行政干预。例如，政府通过行政命令干预市场准入和公平竞争；对政府采购、公共工程项目的招投标强行干预；以“公共利益”为由对外来投资者的盈利项目强行征收、关闭；对外来企业的强行摊派和不合理收费等等。
第三，在中国单一制国家结构中，还存在着民族自治区、经济特区、沿海开放城市、经济开发区等使用某些特殊经济政策的区域，这些区域中相关的法律与管制政策，例如许可制度、价格、税收优惠制度等等，都与其他地区存在某种程度的差别。这些区别有可能与WTO所要求的“国民待遇”原则相抵触。保证有关贸易政策的统一实施制度有待完善。
第四，司法过程中的地方保护主义。从行政诉讼法实施以来的情况看，一个普遍的情况就是外地人不敢告本地政府，涉外的行政诉讼案件更少。究其原因，外地人主要害怕的是政府的报复及其对司法的压力。现在人们常说的“将案件就地消化”，实际上就是违反诉讼管辖的规定，将案件的终审权控制在本行政区域内。行政诉讼制度改革中正在讨论的提高管辖级别的呼声，也正是针对行政干预司法和地方保护主义。
鉴于法律和政策实施过程中可能产生的地方保护主义和歧视性对待，应当尽快建立有关的机构和程序来监督法律统一实施和保障国民待遇等要求的落实。
（2）法律与政策的统一实施问题
在中央与地方的关系问题上，相当一部分内容是涉及法律的统一实施问题。宪法已经规定，法律、法规、规章之间的关系和效力等级，《立法法》进一步强调这种效力等级。要求下位法必须与上位法保持一致。但实践中下位法与上位法的冲突仍在所常见。实际上，在多层次立法的体制下法律规范之间发生冲突是不可避免的。重要的是加强事先审查的层量减少冲突和建立一定机制，在发生冲突时顺利解决这些冲突。《立法法》在这两方面都做了一定的努力，建立了备案与建立违法审查制度。但是《立法法》颁布已一年内有半，法律冲突问题仍严重存在，且有进一步发展的趋势，说明这两项制度的软弱。解决法律统一问题仍然是法律改革的重要任务。
（3）行政许可制度的完善
我国过去20多年来的社会、经济改革，在很大程度上可以说就是规范政府管制的过程。实践证明，这些改革措施产生了巨大的经济效益和社会效益。这些改革和对外开放是分不开的，很多制度和措施都是在对外开放的压力下和学习、借鉴外国经营的基础上逐步确立起来的。使行政许可和审批公开化、规范化。我国正在加快步伐制定《行政许可法》，该法主要针对以下几个方面进行改革：
第一，明确和规范行政许可的设定权。但与此同时，由于缺乏统一的法律规范和其他各种同素的影响，许可审批制度迅速膨胀，成为阻碍经济发展，损害公民权益的中的问题。近年来，行政机关正在进行审批制度的改革。但要从根本上解决问题，仍需要经过法律途径。
第二，明确申请人可以获得许可的条件和标准，把行政机关的自由裁量权压缩到最低的必要限度。
第三，实现行政许可审批过程的公开、高效。
第四，实现许可收费的合理化。
（4）规章制定和法律实施中的透明度问题
《关税与贸易总协定》第10条要求“各成员国必须确保与贸易有关的法律、法规和规章以及行政措施的透明度”。《WTO中国工作组报告》和协议书草案也要求中国应当公布所有与贸易有关的法律文件和行政措施，并允许相关的当事人发表评议，应当建立“联络点”、“咨询点”，使相关人员方便地获取这些与贸易有关的法律文件和行政措施。根据这些规定，我国相关的行政法制度中有以下几个方面应当进行改革：
第一，行政立法过程的公开化。我国现在的行政立法虽然也有调查、研究、咨询、协商的做法，但这些程序基本上属于内部行政程序，而且程序操作的主动权完全掌握在行政机关手中，所以相对人能够了解的行政立法过程信息是极为有限的，更谈不上公众广泛而有效地参与和评论。在这一方面，《立法法》取得了一定的进展，但是与WTO对我们的相关要求还有一定的距离，有许多新的问题需要我们深入研究。例如，立法过程和行政决策过程是否需要对外国投资者公开？公开化的具体标准是什么？公开的具体方式是什么？如何看待没有公开或者公开程度不够的法律文件和行政措施的效力？等等。
第二，法律文件和行政措施的公开。上面所说的是立法过程的公开，法律文件和行政措施的公开则侧重于结果的公开。这两方面的结合，是构建“阳光政府”的基本要求。目前，在行政过程中还存在很多“信息禁区”和“黑洞”，存在诸如内部指标、内部措施、内部批复、内部精神，这些所谓的“内部”往往冠之以“机密”，不得外传。这些做法与法治的基本精神是不相符的，也容易滋生腐败。对这些做法，我国《立法法》和《行政诉讼法》已经提出了一些挑战，但还远远不够。需要修改我国有关的保密法规，建立政府信息公开的一系列制度。具体来说，法律文件，包括法律、行政法规、中央部委规章、地方性法规、地方政府规章，都应当在专门的公报上公布，这一点我们基本上已经做到了，但是一些政策性文件和其他规范性文件的公开仍然不够，以至于有些规范性文件成了行政机关的“秘密武器”。除了法律文件的公开之外，还应当设立相应机构负责提供有关的规章、规范性文件、行政措施的文本。
第三，行政执法程序的公开。除了涉及到国家安全、商业秘密、个人隐私等不能公开的情形外，执法活动应当体现公开原则。这种公开化具体要求：行政机关执法依据公开、事实公开、决定公开、行政机关对决定说明理由等。值得注意的是，我国《行政处罚法》在这方面已经迈出了一大步，该法设立的程序规则对其后的立法产生了重要的示范作用。
（5）行政管制机构的中立性问题
《中国加入WTO协议书（草案）》以及《WTO中国工作组报告》都强调管制机构的中立性。适度的管制虽然是不可避免的和必要的，但管制机构如果不能保持中立性，就无法保证达到WTO所要求的自由公平的投资与贸易环境，也无法使外国投资者相信“国民待遇”的真正落实。
在我国目前经济构成中，公有经济仍然占主导性地位，政府在经济生活中仍然扮演着十分积极的角色。管制机构的非中立性在我国过去的经济改革过程中，已经对私营经济的成长和私有财产的保护以及市场公平竞争秩序产生了许多负面的影响。这些问题在相当程度上也会对外国投资者产生不良的心理影响，使他们对政府管制的公正性持一种不信任的态度。
所谓管制机构的中立，既包括实质的利益无涉，也包括形式公正。就实质方面而言，必须废除不必要的行政垄断，政府必须和企业脱钩，成为市场的宏观监管者。国有企业、国家持股企业应当完全独立，成为市场的经济主体，与外商投资企业、私营企业平等竞争。这是一个经济体制改革的过程，也是一个政府职能转变的过程，它不仅有助于提高国有企业效益，也有助于增强其它性质的经济主体对政府的信赖。在这方面，我们不仅要防止政府在某些情况下对国有企业的偏袒，或以不同的方式损害外国投资者的利益，而且同样重要的是要防止给外国投资者以“超国民待遇”。在过去的对外开放和合作过程中，许多地方政府为了吸引外资，往往给于不合理的、甚至不合法的“优惠”、承诺和担保，损害了国家利益和其他经济主体的利益。就形式方面而言，首先要求政府做到程序公开和信息公开；其次要求政府不能干预经济主体之间的利益竞争和合同纠纷；再次，行政裁决程序应当司法化，保障执法主体能够以中立和没有偏私的方式实施法律。
（6）对行政行为的复议和司法审查
《协议书》和《工作组报告》另一个值得注意的地方就是要求中国设立“独立和公正的”裁判机构对所有与贸易和投资活动有关的行政行为进行审查。这里实际上提出了两个要求，一是“对所有与贸易和投资活动有关的行政行为进行审查”，二是进行审查的裁判机构必须“独立和公正”。以下针对这两点作扼要分析。
第一，关于对所有与贸易和投资活动有关的行政行为的审查。这一要求明显突破了我国《行政复议法》和《行政诉讼法》的有关规定。《行政复议法》虽然规定对作为具体行政行为依据的抽象行政行为（其他规范性文件）可以一并申请审查，但没有规定相对人对抽象行政行为独立的复议申请权；《行政诉讼法》明确规定，抽象行政行为和法律规定由行政机关最终裁决的行为不属于人民法院的受案范围，人民法院审理行政案件，依据行政法规，可以参照规章。上述法律的规定与WTO的要求明显有出入。如何应对？如何理解“与贸易和投资有关”这一措辞？如何理解这里的行政行为的范围？这不仅是非常紧迫的实际问题，而且也给我们提出了理论上的挑战。Home-town justice-Stanley Lubman
第二，关于审查机构的公正和独立性。对于行政行为的审查，我国已经建立了行政复议和行政诉讼两种机制，这两种机制中的审查机构及其运作程序是否符合WTO的要求呢？在实际运作中，这两种机构是否已经达到了“公正”的要求。如何才能确保“公正”裁判？人民法院的独立审判权虽然那有法律的保障，但是实际情况又怎样呢？近年来关于司法改革讨论的一个焦点问题就是司法的独立性，但到目前为止并没有取得多少实质的进步。我国的复议机构的独立性应如何评价？与美国的行政法法官、英国的行政裁判所构比到底有多大的距离？行政复议机构是否也存在着改革问题？应当如何进行改革？在面对WTO的压力下，这些问题是我们无法回避的了。
