行政赔偿程序分为两部分：一是行政程序，即赔偿义务机关对单独就损害赔偿提出请求的先行处理程序；二是赔偿诉讼程序，即提起行政诉讼一并要求赔偿时由人民法院予以处理的程序。行政赔偿的先行处理程序是指行政赔偿请求人请求损害赔偿时，须先向有关的赔偿义务机关提出赔偿请求，双方就赔偿事项进行自愿协商或由赔偿义务机关决定，从而解决赔偿争议的一种制度。先行处理程序适用于单独提起赔偿请求时。
行政赔偿的先行处理程序需注意以下几点：（一）确认程序行政赔偿先行处理程序的前提条件是损害行为违法的确认。确认途径一般分为两种：（1）赔偿义务机关自己确认。即作出行政侵权行为的机关承认自己的行为违法，根据《最高人民法院关于审理行政赔偿案件若干问题的规定》，赔偿请求人单独提起行政赔偿诉讼，须以赔偿义务机关先行处理为前提。赔偿请求人对赔偿义务机关确定的赔偿数额有异议或者赔偿义务机关逾期不予赔偿，赔偿请求人有权向人民法院提起行政赔偿诉讼；（2）通过行政复议与行政诉讼程序确认。如果行政复议机关和人民法院经过审理，认为具体行政行为违法，作出撤销或变更的裁判，则意味着对侵权行为的违法性获得了确认。但根据《最高人民法院关于审理行政赔偿案件若干问题的规定》，赔偿请求人认为行政机关及其工作人员实施了《国家赔偿法》规定的下列行为：以殴打等暴力行为或者唆使他人以殴打等暴力行为造成公民身体伤害或者死亡的、违法使用武器、警械造成公民身体伤害或者死亡的、造成公民身体伤害或者死亡的其他违法行为以及造成财产损害的其他违法行为，对此赔偿义务机关拒不确认致害行为违法，赔偿请求人可直接向人民法院提起行政赔偿诉讼。
（二）提出行政赔偿的要件在行政赔偿程序中，受害人提出赔偿请求，赔偿义务机关受理请求均须符合一定条件。首先是实质要件。具体包括：（1）赔偿请求人必须具有请求权，只有符合法定条件的人才能行使请求权。请求权人原则上是因行政机关及其工作人员行使职权行为而直接遭受损害的人。（2）被请求人是赔偿义务机关。（3）赔偿请求事项必须符合法律规定的范围。（4）赔偿请求必须在法律规定的期限内提起。提出赔偿请求时限为两年。其次是形式要件。请求人向赔偿义务机关提出行政赔偿请求，应以书面形式申请。如果赔偿请求人书写确有困难的，可以委托他人代书，由本人签名或盖章。行政赔偿先行处理程序的提起方式一般有两种：单独提出赔偿和附带提出赔偿请求。单独提出赔偿请求指仅要求赔偿，赔偿义务机关接受这类请求无须确认行政行为的合法性，只须就侵权事实成立与否、赔偿数额等问题与受害人协商。附带提出赔偿请求是请求人在提出行政复议或其他审查行政行为合法性要求的同时请求对其所受损害予以赔偿。
（三）行政赔偿义务机关的处理行政赔偿义务机关在收到赔偿请求人的申请后，应按照法律的规定，对赔偿要求进行审查，符合法定赔偿条件，应当在收到申请之日起2个月内，依法给予请求人赔偿。行政赔偿义务机关的处理方式有两种：（1）协议式处理，即由双方互相协商解决赔偿。（2）决定式处理，即由赔偿义务机关直接作出决定是否予以赔偿。行政赔偿诉讼程序是指公民、法人和其他组织认为其合法权益受到行政机关及其工作人员违法行使职权的侵害，受害人向人民法院提起的要求赔偿义务机关给予行政赔偿的程序。行政赔偿诉讼程序基本适用行政诉讼程序，只不过存在一些特殊的要求。
