2.多肽类(peptides) 一般指由2～20个氨基酸组成的物质，具直链或环状结构。20个以上氨基酸组成的多肽与蛋白质无明显界限。不少多肽具生物活性。如水蛭多肽能凝血，蛙皮多肽能舒张血管，海兔抑制素能抗肿瘤。植物多肽有的是环肽，具-S-链，如毒蕈环肽，有的带肽的生物碱具降血压作用。还有白花蛇舌草中的催产肽，人参中的抗脂质分解的多肽等。
多肽类成分一般可溶于水，在热水中不凝固。可与茚三酮、吲哚醌试剂显色，又因分子中具肽链而有双缩脲反应。
3. 蛋白质(proteins) 这是一类由20个以上的氨基酸通过肽键结合而成的大分子化合物，分子量一般在5´ 103～1´ 107之间，广泛分布于生物界，是一切生命活动的物质基础。根据组成，蛋白质可分为简单蛋白质与结合蛋白质两类。简单蛋白质可完全水解成a -氨基酸，它们可进一步分为清蛋白类、球蛋白类、醇溶谷蛋白类、谷蛋白类、精蛋白类、组蛋白类和硬蛋白类等7类。其中只有清蛋白类与精蛋白类可溶于水。结合蛋白由蛋白质与非蛋白质结合而成，如脂蛋白、糖蛋白、色蛋白与核蛋白等，其中核蛋白在遗传中起重要作用。
在提取分离有效成分与制备剂时，蛋白质一般作为无效成分而除去。近几年来发现不少具生物活性的蛋白质，如天花粉蛋白用于中期妊娠引产，治疗亚性葡萄胎和绒毛膜上皮细胞癌。槲寄生蛋白(viscotoxin)、相思豆蛋白(abrin)、植物凝集素(phytohenag
glutinin, PHA)等均具抗肿瘤作用。
大多数蛋白质可溶水，其水溶液中加入乙醇、硫酸铵或氯化钠的浓溶液可产生可逆的沉淀反应。蛋白质具酸碱两性，能与重金属盐类生成沉淀。这些沉淀反应可用于蛋白质的提取分离或从溶液中除去蛋白质。蛋白质除能与茚三酮、吲哚醌试剂显色外，因有两个相邻的肽键（-CO-NH -）而能在碱性溶液中与CuSO4溶液作用生成紫红色、红色或紫色，即双缩脲反应(biuret
reaction)，蛋白质与浓硫酸产生黄色反应，并与多种酸类，如鞣酸、三氯醋酸、苦味酸、硅钨酸等，形成不溶性盐类。
4. 酶(enzymes) 这是一类具有高度催化活性和专一性的特殊蛋白质。生物体中蛋白质、脂肪和糖类等的合成与降解，以及生命活动中许多复杂的化学变化均与酶有密切关系。已发现约700种酶，按功用可分为转移酶(transferases)、水解酶(hydrolases)、氧化还原酶(oxidoreductases)、裂解酶(lyases)、异构酶(isomerases)和连接酶(ligases)或合成酶(synthetases)等六类。在机体内有些酶具有不同的结构和大小，但具有相同的催化功能，这些酶特称为同功酶(isozymes)，如异柠檬酸脱氢酶、苹果酸脱氢酶和RNA酶等都属于同功酶。酶的结构中常结合一种非蛋白质的有机分子或一种金属，统称为辅酶(co-enzymes)。有的酶已在临床应用，如淀粉酶与胃蛋白酶能助消化，链激酶能溶解血凝瘀块和脓肿，无花果蛋白质酶能杀寄生虫，菠萝蛋白酶等抗炎等。
酶的性质与鉴别反应，同蛋白质。
