建设部颁布的《招标文件范本》中规定，工程预付款仅用于承包方支付施工开始时与本工程有关的动员费用。如承包方滥用此款，发包方有权立即收回。在承包方向发包方提交金额等于预付款数额(发包方认可的银行开出)的银行保函后，发包方按规定的金额和规定的时间向承包方支付预付款，在发包方全部扣回预付款之前，该银行保函将一直有效。当预付款被发包方扣回时，银行保函金额相应递减。
工程预付款的数额是根据施工工期、建安工程量、主要材料和构配件费用占建安工程量的比例以及材料储备期等因素来确定的。
(一)预付备料款的限额
预付备料款的限额计算．公式为备料款限额=全年施工产值*主要材料所占比重*材料储备天数／年度施工日历天数
或 备料款限额=全年施工产值*预付备料款占工程价款比例
对于只包定额工日，不包材料定额，材料供应由建设单位负责的工程，没有预付备料款，只有按进度拨付的进度款。
(二)备料款的扣回
备料款的扣款方式案例常见的为：从未施工工程尚需的主要材料及构件的价值相当于备料款数额时起扣，从每月结算的工程价款中按材料比重抵扣工程价款，竣工前全部扣清。其起扣点公式：
备料款起扣点=工程价款总额—预付备料款限额／主要材料所占比重。
还有一种是在完工期前三个月将预付款总额按逐次分摊的方式扣回。
三、进度款的支付（中间结算）
承包单位在项目建设过程中，按逐月完成的分部分项工程量计算各项费用，在月末提出工程价款结算账单和已完工程月报表，向发包单位办理中间结算，收取当月的工程价款。当工程价款拨付累计额达到该项目工程造价的95~97％时，停止支付，作为尾款和保修期用，在办理竣工决算时一并清算。
（一）中间结算的具体步骤如下。
(1)根据每月所完成的工程量依照合同计算工程款。
(2)计算累计工程款。若累计工程款没有超过起扣点，则根据当月工程量计算出的工程款即为该月应支付的工程款；若累计工程款已超过起扣点，则应支付工程款的计算公式分别为
累计工程款超过起扣点的当月应支付工程款=当月完成工作量-（截止当月累计工程款-起扣点）×主要材料所占比重
累计工程款超过起扣点的以后各月应支付的工程款=当月完成的工作量×（1-主要材料所占比重）
有同志问：课本第六章的案例一中，第五问甲方应付工程结算款里为什么减132万元。因为予付款132万元在五月份拨付款时已扣回66万元。
实际上第五问甲方应付工程结算款里减132万元，是对的。因为予付款132万元，在五月份拨付款时扣回66万元是超过起扣点后已施工内容的材料款，包括在132里面，是132的组成部分[这一点一定要理解清，算清账]。假如不扣66，或不减132，请计算一下总付款，甲方会超付66，132。
(3)工程尾款的扣除，应按题目中所给出的条件或要求计算。一般有两种方式：最后一次扣清和从第一次支付开始按月逐步扣除。
国家工商行政管理总局、建设部颁布的《建设工程施工合同》示范文本中对工程进度款支付做了如下详细规定：
1、工程款(进度款)在双方确认计量结果后14天内，发包方应向承包方支付工程款(进度款)。按约定时间发包方应扣回的预付款，与工程款(进度款)同期结算。 2、符合规定范围的合同价款的调整，工程变更调整的合同价款及其他条款中约定的追加合同价款，应与工程款(进度款)同期调整支付。
3、发包方超过约定的支付时间不支付工程款(进度款)，承包方可向发包方发出要求付款通知，发包方收到承包方通知后仍不能按要求付款，可与承包方协商签订延期付款协议，经承包方同意后可延期支付。协议须明确延期支付时间和从发包方计量结果确认后第15天起计算应付款的贷款利息。
4、发包方不按合同约定支付工程款(进度款)，双方又未达成延期付款协议，导致施工无法进行，承包方可停止施工，由发包方承担违约责任。
（二）保修金的扣除。此处与现行文件冲突，仅作为了解内容。
按照规定，在工程的总造价中应预留出一定比例的尾留款作为质量保修费用，该部分费用称为保修金。 保修金一般应在结算过程中扣除，在工程保修期结束时拨付。
