5、合同中第27条“发包人供应材料设备”的条款应尽量按通用条款执行，但第27.6条“发包人供应材料设备的结算方法”应详细约定，因为不少业主在施工招标文件中约定甲供材料的单价较低，施工单位在进入报价时按单价较低的价格进入，而在实际施工中的甲供材采购价却明显偏高，在甲供材抵扣时如不与明确规定，往往会发生纠纷。
6、合同中第九大条“竣工验收与结算”的详细规定应尽量参照通用条款执行，防止业主利用此条在工程完工后进行拖延结算和付款。如果有多个工程，应在条款中约定具体单个工程的结算和付款期限，以免业主将单个工程的结算拖延至整个工程完以后才进行。
7、合同中第35条“违约”的约定应尽量按照通用条款执行，其中对工期延误或提前的奖惩约定，施工单位应结合自身实力来定夺，根据实际情况统计，大部分工程的工期都或多或少有一些延误，因此在延误赔偿约定中应尽量从轻。
8、合同中第47条“补充条款”是专用条款中未约定的条款，在实际操作中，“补充条款”往往才是合同签订的关键所在，因为在“补充条款”里往往会带有一些不公正的条款约定，因此，谨慎把握好“补充条款”的内容十分重要。
三、施工索赔的阶段
经过投标决策阶段和合同订立阶段，为以后的工程实施过程的索赔提供了前提条件。施工索赔的阶段是一个漫长而复杂的过程，此时提出的索赔要以整个工程的大局出发，并且还要防范业主提出反索赔。这一过程对自己的施工过程是一考验，同时也是一个据理力争和社会公关的双重考验。对施工单位的员工提出了新的要求，一切作为都得按照合同中约定的通用条款、专用条款、附加条款做事。彻底改变过去那种想当然、随意性做法。严格工程质量及进度、审批签字时间、内部管理井然有条、资料收集整理齐全、索赔合理及时、与业主、监理单位关系融洽、与协同单位和分包单位的良性沟通等等构成了施工单位的领导及员工新的要求。结合投标决策阶段和合同订立阶段所埋下的伏笔，对施工中大致会出现的索赔有了一定的准备，此时就应随着工程的进行按照原定计划逐步实施。
1、施工现场条件变化的索赔
（1）因提供的地质情况与实际情况不相符，会造成土石成分的变化，基础的超深或减少，依据实际收方量及时提出索赔（此种情况应在投标决策时有所考虑，并采用不平衡报价）。
（2）地质情况发生急剧恶化，此时原设计已不能满足施工及质量要求，此时，施工单位应请求甲方敦促设计院尽快拿出设计更改方案或施工单位根据具体情况提出合理的解决方法，但所提出的解决方法应偏向在投标报价是考虑的高价报价子目，并及时采取临时补救措施报甲方和监理工程师批准，然后及时提出相关的工期及经济索赔书面报告。
（3）实际地质情况较甲方提供的地质情况好，此时可提出合理化建议要求设计院更改部分设计，因此而减少或取消的工程量清单中报价较低的子目（此种情况应在投标决策时有所考虑，并采用不平衡报价）。并提出合理且经济的更改建议，如将单价较贵的重力式挡墙改为条石挡墙，将较贵的锚杆薄壁砼挡墙改为锚杆喷射砼挡墙等等，充分利用现场所采集的石料和自身情况，但条石挡墙或锚杆喷射砼挡墙的单价应在投标报价中采用高价，以期获得更大利润，同时也为业主节约投资。
2、工程变更索赔
（1）业主变更，大部分变更是由业主提出的，特别是工业建筑，往往因设备的变换或生产工艺的变换会造成施工过程中不断的返工或停工，这种变更所引起的经济及经济索赔一般在招标文书或合同中均已说明，但需注意事件发生后索赔的时效性，不要等到过了规定的时间才提出索赔或等到工程完工结算才来清理，要及时上报工程师核实，并对具体损失情况进行认可，以便以后取证。
（2）施工单位的合理化建议，在具体施工过程中，往往会出现意想不到的情况发生，或在施工过程中出现了某项新技术、新材料、新工艺或新设备（“四新技术”），此时为本着节约成本和改善建筑品质的宗旨，施工单位可向业主提出采用部分“四新技术”，如使用石灰精代替水泥，使用绝热保温砌体代替普通砌体等等，因此而节约的成本甲乙双方共享。
（3）新增工程，工程量清单所列的项目包括招标范围内设计图纸所示的全部内容，但实施过程中经常会出现一些图纸上没有的新增工程，而新增工程的单价就不得执行投标报价的单价（合同约定的除外），此时施工单位就应积极准时的对新增工程提出索赔（此种情况应在投标决策时有所考虑，并采用不平衡报价）。
（4）工期延迟及加速施工索赔，工期索赔往往伴随于经济索赔，这种索赔应根据具体情况确定；如工期提前奖励意义不大，或业主急需尽快完工时，在保证能提前或按时完成工程时，工期索赔可适当从轻，以增加经济索赔谈判时的筹码。在市政改造工程时，业主经常需要加速施工，此时施工单位往往要改变施工方案和作业班次，施工单位就应该就重新增加设备、工人数量、班次、材料、物资供应、管理人员和奖励补偿等一系列费用提出较高的索赔额，但需注意一定要以书面的形式递交发包方审批，不要轻信发包方的口头许诺。
