风险抵押金实行分级管理，由省、市、县级安全生产监督管理部门及同级财政部门共同负责。对中央管理企业的风险抵押金，按照属地原则管理，由所在地省级安全生产监督管理部门及同级财政部门确定后报国家安全生产监督管理总局及财政部备案。
安全生产风险抵押金管理必须做到“专户存储、单独核算、专款专用、严禁挪用”，不得在企业之间互相调剂；各级财政、审计等部门要定期对安全生产风险抵押金进行监督和检查，确保资金安全、规范运行。
企业持续生产经营期间，当年未发生生产安全事故、没有动用风险抵押金的，风险抵押金自然结转存储，企业在下年不再另行存储。企业当年若发生生产安全事故、动用风险抵押金的，省、市、县级安全生产监督管理部门及同级财政部门应当重新核定企业应存储的风险抵押金数额，并及时告知企业；企业应当在核定通知送达后1个月内，按照规定标准再将风险抵押金补齐存储差额。
企业生产经营持续期间，其生产经营规模、产量、从业人数等国家规定的存储风险抵押金核定基础发生较大变动的，省、市、县级安全生产监督管理部门及同级财政部门应于下年度季度结束前调整该企业的风险抵押金存储数额，并按照调整后的差额及时通知企业补存(退还)风险抵押金。
按照规定已经存储安全生产风险抵押金的企业，依法关闭、破产或者转为其他行业的，企业提出申请，经省、市、县级安全生产监督管理部门及同级财政部门核准后，代理银行允许企业按照国家有关规定自主支配其风险抵押金专户结存资金。
安全生产风险抵押金在实际支出时计人企业成本，在缴纳企业所得税前列支。有关会计核算问题，按照国家统一会计制度处理。
在每一年度终了后3个月内，省级安全生产监督管理部门及同级财政部门要将上年度本地区风险抵押金存储、使用、管理等有关情况报国家安全生产监督管理总局及财政部。各级安全生产监督管理部门、财政部门及其工作人员有挪用风险抵押金等违反规定及国家有关法律法规行为的，依照国家有关规定进行处理。