(二)工程总承包合同价款的结算
合同双方约定由承包人提交履约保函的，履约保函的提交是发包人支付各项款项的前提条件。
1．预付款
(1)预付款的支付时间及额度。发包人按合同价格的一定比例支付预付款金额，具体金额由双方在合同专用条款中约定。合同约定了预付款保函的，在合同生效后，发包人收到承包人提交的预付款保函后10日内向承包人支付预付款金额；未约定预付款保函的，发包人在合同生效后10日内向承包人支付预付款金额。
(2)预付款的抵扣。预付款的抵扣方式、抵扣比例和抵扣时间安排，由合同双方在专用条款中约定。预付款抵扣完后，发包人应及时向承包人退还预付款保函。在发包人签发工程接收证书或合同解除时，预付款尚未抵扣完时，发包人有权要求承包人支付尚未抵扣完的预付款。承包人未能支付的，发包人有权按如下程序扣回预付款的余额：
1)从应付给承包人的款项中或属于承包人的款项中一次或多次扣除。
2)应付给承包人的款项或属于承包人的款项中不足以抵扣的，发包人有权从预付款保函中扣除尚未抵扣完的预付款。
3)应付给承包人或属于承包人的款项不足以抵扣，且合同未约定承包人提交预付款保函的，承包人应与发包人签订支付尚未扣完的预付款支付时间安排协议书。
4)承包人未能按上述协议书执行，发包人有权从承包人提交的履约保函中抵扣尚未扣完的预付款。
2．工程进度款的支付
(1)进度款的支付方式。《总承包合同示范文本》规定了两种进度款的支付方式供发承包双方选择适用：
1)按月申请付款。按月申请付款，承包人应以合同协议书约定的合同价格为基础，按每月实际完成的工程量(含设计、采购、施工、竣工试验和竣工后试验等)的合同金额，向发包人或监理人提交付款申请。承包人提交付款申请报告的格式、内容、份数和时间，在专用条款约定。
按月付款申请报告中的款项包括：①工程进度款的款项类别；②合同价格调整的增减款项；③预付款的支付及扣减的款项；④缺陷责任保修金约定的暂扣及支付的款项；⑤索赔结果所增减的款项；⑥另行签订的补充协议增减的款项。
2)按付款计划表申请付款。按付款计划表申请付款的，承包人应以合同协议书约定的合同价格为基础，按照在专用条款约定的付款期数、计划每期达到的主要形象进度和(或)完成的主要计划工程量(含设计、采购、施工、竣工试验和竣工后试验等)等目标任务，以及每期付款金额，并依据专用条款约定的格式、内容、份数和提交时间，向发包人或监理人提交当期付款申请报告。
每期付款申请报告中的款项包括：①当期计划申请付款的金额；②合同价款调整的增减款项；③预付款的支付及扣减的款项；④质量保修金额的暂扣及支付的款项；⑤索赔结果所增减的款项；⑥另行签订的补充协议增减的款项。发包人按付款计划表付款时，承包人的实际工作和(或)实际进度比付款计划表约定的关键路径的目标任务落后30日及以上时，发包人有权与承包人商定减少当期付款金额，并有权与承包人共同调整付款计划表。承包人以后各期的付款申请及发包人的付款，以调整后的付款计划表为依据。
(2)进度款的支付程序。
1)按月工程进度申请与付款。合同约定按月工程进度申请付款和付款时，发包人在收到承包人提交的每月付款申请报告之日起的25天内审查并支付。
2)按付款计划表申请与付款。合同约定按付款计划表申请付款和付款时，发包人在收到承包人提交的每期付款申请报告之日起的25天内审查并支付。
(3)付款时间延误的处理。
1)发包人的违约责任。因发包人的原因未能按合同约定的时间向承包人支付工程进度款的，应从发包人收到付款申请报告后的第26日开始，以中国人民银行颁布的同期同类贷款利率向承包人支付延期付款的利息，作为延期付款的违约金额。
2)暂停施工。发包人延误付款15天以上，承包人有权向发包人发出要求付款的通知，发包人收到通知后仍不能付款的，承包人可暂停部分工作，视为发包人导致的暂停，并按合同中关于发包人暂停的约定执行。
3)协议延期付款。双方协商签订延期付款协议书的，发包人按延期付款协议书中约定的期数、时间、金额和利息付款；当双方未能达成延期付款协议，导致工程无法实施，承包人可停止部分或全部工程，发包人承担违约责任，导致工程关键路径延误时，竣工日期顺延。
4)合同解除。发包人的延误付款达60天以上，并影响到整个工程实施的，承包人有权根据合同的约定向发包人发出解除合同的通知，并有权就因此增加的相关费用向发包人提出索赔。
3．缺陷责任保修金
(1)缺陷责任保修金的暂时扣减。发包人可根据合同专用条款中约定的缺陷责任保修金金额以及暂扣的方式，暂时扣减缺陷责任保修金。
(2)缺陷责任保修金的支付。发包人应在办理工程竣工验收和竣工结算时，将暂时扣减的全部缺陷责任保修金金额的一半支付给承包人，专用条款另有约定的除外。此后，承包人未能按发包人通知修复缺陷责任期内出现的缺陷或委托发包人修复该缺陷的，修复缺陷的费用从剩余的缺陷责任保修金金额中扣除。发包人应在缺陷责任期届满后l5日内，将暂扣的缺陷责任保修金余额支付给承包人。
(3)缺陷责任期保修金保函。在办理工程竣工验收和竣工结算时，如承包人请求提供用于替代剩余的缺陷责任保修金的保函，发包人应在接到承包人按合同约定提交的缺陷责任保修金保函后，向承包人支付缺陷责任保修金的剩余金额。此后，承包人未能自费修复缺陷责任期内出现的缺陷或委托发包人修复该缺陷的，修复缺陷的费用从该保函中扣除。发包人应在缺陷责任期届满后15日内，退还该保函。
4．索赔款项的支付
(1)发包人的索赔款项。经双方协商确定的、经调解确定的或经仲裁裁定(或法院判决)的发包人应得的索赔款项，发包人可从支付给承包人的当月工程进度款或当期付款计划表的付款中扣减该索赔款项。当支付给承包人的各期工程进度款中不足以抵扣发包人的索赔款项时，承包人应当另行支付。承包人未能支付，可协商支付协议，仍未支付时，发包人可从履约保函中抵扣。如未约定履约保函或履约保函不足以抵扣时，承包人须另行支付该索赔款项，或以双方协商一致的支付协议的期限支付。
(2)承包人的索赔款项。经双方协商确定的、经调解确定的或经仲裁裁定(或法院判决)的承包人应得的索赔款项，承包人可在当月工程进度款或当期付款计划表的付款申请中单列该索赔款项，发包人应在当期付款中支付该索赔款项。当发包人未能支付该索赔款项时，承包人有权从发包人提交的支付保函中抵扣。如未约定支付保函时，发包人须另行支付该索赔款项。
5．竣工结算
(1)竣工结算的程序。
1)提交竣工结算资料。承包人提交的竣工验收报告和完整的竣工资料被发包人认可后30日内，向发包人递交竣工结算报告和完整的竣工结算资料。承包人未能向发包人提交竣工结算报告及完整的结算资料，造成工程竣工结算不能正常进行或工程竣工结算不能按时结清，发包人要求承包人交付工程的，承包人应当交付；发包人未要求交付工程的，承包人应当承担工程的保管、维护和保养的费用和责任，但不包括已被发包人使用、接收的单项工程和工程的任何部分。
2)最终竣工结算资料。发包人应在收到承包人提交的竣工结算报告和完整的竣工结算资料后30日内，经审查并提出修改意见，双方就竣工结算报告和最终的结算资料的修改达成一致意见后，由承包人自费进行修正，并提交最终的竣工结算报告和最终的结算资料。发包人在30日内未能提出修改意见，也未予答复的，视为发包人认可该竣工结算资料作为最终竣工结算资料。
3)结清竣工结算的款项。发包人应在收到承包人提交的最终竣工结算资料后30日内，结清竣工结算的款项。竣工结算结清5日内，发包人应将承包人提交的履约保函返还给承包人；发包人如果提交了支付保函的，承包人应将发包人提交的支付保函返还给发包人。
(2)竣工结算的违约责任。
1)发包人违约。发包人未能按照合同的约定结清应付给承包人的竣工结算的款项余额的，承包人有权从发包人提交的支付保函中扣减该款项的余额。合同未约定支付保函或支付保函不足以抵偿应向承包人支付的竣工结算款项时，发包人应从承包人提交最终结算资料后的第31日起，支付拖欠的竣工结算款项的余额，并按中国人民银行同期同类的贷
款利率支付相应利息。
在收到承包人提交的竣工结算报告和完整的竣工结算资料后30日内，发包人未能对竣工结算资料提出修改意见和答复，也未能向承包人支付竣工结算款项的余额的，应从承包人提交该报告后的第31日起，支付拖欠的竣工结算款项的余额，并按中国人民银行同期同类的贷款利率支付相应利息。
发包人在承包人提交最终竣工结算资料的90日内仍未支付的，承包人可依据合同中有关争议和裁决条款的约定解决。
2)承包人违约。承包人未能结清应付给发包人的竣工结算中的款项余额时，发包人有权从承包人提交的履约保函中扣减该款项的余额。合同未约定履约保函或履约保函的金额不足以抵偿时，承包人应从最终竣工结算资料提交之后的31日起，支付拖欠的竣工结算款项的余额，并按中国人民银行同期同类的贷款利率支付相应利息。承包人在最终竣工结算资料提交后的90日内仍未支付的，发包人有权根据合同中有关争议和裁决条款的约定解决。
(3)竣工结算的争议。在发包人收到承包人递交的竣工结算报告及完整的结算资料后的30日内，双方对工程竣工结算的价款发生争议的，应共同委托一家具有相应资质等级的工程造价咨询单位进行竣工结算审核，按审核结果结清竣工结算的款项。审核周期由合同双方与工程造价审核单位约定。对审核结果仍有争议时，依据合同中有关争议和裁决条款的约定解决。
