1、 (1)食品公司与研究所的协议中，货币出资低于注册资本的30%，因此不符合《公司法》规定，应当调整。
董事会的组成人数为5人，由双方按出资比例选派合法，但董事长的产生方式不正确，不应由一方股东选派，而应当双方协商产生。经理、财务负责人山董事长任命的作法不正确，应该由董事会聘任。
(2)丁某不具备作董事长的资格。丁某因贪污行为受到刑事处罚，于1993年3月刑满释放，公司于2005年4月成立，刑满释放已超过5年，任职资格不受法律限制。但是，个人所负到期债务数额较大，未予清偿，不符合董事长的任职资格。丁某向朋友借5万元炒股一直无力偿还，属上述情形。因此丁某不具备作董事长的资格。
(3)汪某不具备作经理的资格。根据《公司法》规定，担任因经营管理不善而破产清算的公司、企业的董事或者经理、厂长，并对该公司、企业的破产负有个人责任的，自该公司、企业破产清算完结之日起未逾3年者，不得担任有限责任公司的董事、经理。汪某对某公司的破产负有个人责任，自该公司破产清算还没有超过3年，因此不能担任甲公司的经理。
(4)董事B的理由不正确。股份有限公司董事人数不足法定人数或公司章程所定人数2/3，应依法召开临时股东大会。而本案设立的公司是有限责任公司，代表l/10以上表决权的股东，1/3以上董事，或者监事会以及不设监事会的监事才可提议召开临时股东会。
2、(1)A不能接受委托代为行使表决权。根据规定，董事因故不能出席董事会会议的，可以书面委托其他董事代为出席。但A为监事，不是董事，不能代为行使表决权。
(2)董事会会议记录存在不妥之处。根据规定，董事会会议记录，应由出席会议的董事在会议记录上签名，列席董事会会议的监事无须在会议记录上签名，而该公司列席董事会会议的监事在会议记录上签名，是不符合规定的。
(3)股东大会会议作出由甲国有企业的代表杨某代替乙国有企业代表韩某出任该公司监事决议符合公司法的规定。根据《公司法》的规定，股份有限公司股东代表出任的监事由公司股东会选举产生。
股东大会会议作出由公司职工代表曹某代替公司职工代表赵某的决议不符合公司法的规定。根据《公司法》的规定，股份有限公司职工代表出任的监事不是由公司股东会选举产生，而是由职工代表大会、职工大会或者其他民主形式选举产生。本题由公司股东大会选举职工代表出任监事是不符合规定的。
(4)股东大会会议决定发行公司债券是符合规定的。根据规定，所有的公司都是可以发行公司债券的。
(5)股东大会会议决定将法定盈余公积金转增资本的决议方式是符合规定的，但是转增的金额是不符合规定的。根据规定，公司将法定盈余公积金转增资本时，留存的该项公积金不得少于该公司转增前注册资本的25%。丁公司转增资本时，留存的法定盈余公积金占注册资本的比例为(2000—500)÷8000×100%=18.75%，留存的法定盈余公积金少于转增前该公司注册资本的25%，所以是不符合规定的。
