答案：
1．合营企业协议中，有以下内容不合法：
(1)注册资本占投资总额的比例不正确，注册资本应占投资总额的1／2以上，注册资本不应少于450万美元。
(2)注册资本中外方出资的比例不合法，外方认缴出资额只占注册资本的15％(60÷400)；法律规定，中外合资经营企业中，外方的出资比例不应低于注册资本的25％。
(3)出资时间的规定错误，各方合营者应伺期、同步、按比例交付出资．第一期的出资时间和比例错误。分期出资的，合营各方第一期出资不得低于各自认缴出资额的15％，并且自营业执照颁发之日起3个月内交清。外方最后一期出资的时间不正确，法律规定，合营企业注册资本为300万～1000万美元，在分期出资情况下，各方投资者的最后一期出资必须自营业执照签发之日起3年内缴清。
2．对争议的解决，应按中外合资经营企业法的规定处理。
(1)外方私自向第三方转让出资错误。法律规定，合营一方向第三方转让其全部或部分出资的，须经合营他方同意，并报审批机构批准，向登记机关办理变更登记手续。
(2)外方关于合营企业不设总会计师的观点错误，合营企业应设总会计师，协助总经理负责企业的财务会计工作。
(3)此次董事会无效。因为必须有1／3以上的董事提议，方能召开临时董事会；且应有2／3以上的董事出席会议．合营企业修改公司章程须经出席会议的董事一致通过方为有效。在以上方面，此次会议均未达到法定的比例标准要求。另外，董事会会议的签字手续错误。公司法规定，应经出席会议的董事及董事会秘书签字后存档，监事会主席无须签字。
3．外方的要求中，以下方面错误
(1)外方拟定每年先行收回投资的支出部分计入合作企业成本错误。外方合作者只有在合作企业的亏损弥补后，方能收回投资。表明合作企业的外方合作者只能用企业利润先行收回投资，而不能计入成本。
(2)合作期满，固定资产归中方投资者所有的处理方式错误。凡约定外方合作者在合作期内先行收回投资的，合作期满后，合作企业的固定资产应无偿归中方投资者所有。
（三）甲有限责任公司以制造业为主，于2004年3月5日取得企业法人营业执照后，遇到一系列问题：
1、由于管理人员没到位，公司未能正常经营，4月10日收到当地税务机关通知责令其限期办理税务登记，公司认为尚未开展经营业务，无须纳税。被税务机关处以2000元罚款，逾期仍未办理纳税申报，税务机关建议工商部门收回营业执照，无奈只好办理税务登记。
2．公司正常运转，估计年销售额将达到3000万元，应符合增值税一般纳税人标准，但不知道能否直接申请增值税一般纳税人认定手续。
3．由于公司没经营，暂将税务登记证租给一个体工商户使用2个月，获租金3000元。
4．公司于2004年9月承接一项工程，其部分工程转包给乙方经营，转包经营额500万元，税务机关要求甲公司对该部分转包工程款扣缴25万元营业税，并在10天内缴纳，甲公司认为乙方也是具有独立法人地位的公司，应由乙方交纳，与甲公司无关，逾期仍未理睬。
5．到年底，该公司经理不知道是否该进行企业所得税年度纳税申报，因为公司今年10月才开业．经营还不到一年。
6．甲公司拟与外商乙共同投资设立中外合资经营企业。投资总额3400万美元，分期出资，甲公司控股20％。甲公司不知道自己何时交纳第一期出资较好，第一期出资至少应交多少。
